정부출연 연구기관으로서 과세(기술지원, 기술료수익) 사업과 과·면세(수탁연구개발) 사업, 비과세(정부출연사업 등) 사업 등 수종의 사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분계산 방법

사업자가 수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액)의 비율에 의하여 계산하는 것입니다.

[회신] 사업자가 수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액)의 비율에 의하여 계산하는 것으로, 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다. ○ 법규부가2011-0356, 2011.10.14. 수종의 과ㆍ면세 사업을 겸영하는 사업자가 공통매입세액을 안분 계산하는 경우, 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것입니다. ○ 부가46015-4064, 2000.12.18 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 안분계산하는 것임. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 정부출연연구기관으로서 정부출연사업, 국가연구개발, 수탁연구개발, 기술지원, 기술료 수익 등의 사업을 영위 중 - 정부출연 및 국가연구개발 사업은 비과세 사업, 수탁연구개발 및 기술지원, 기술료수익 사업은 과·면세사업으로 구분하여 신고 중 - 용역개발 및 연구과제별 예산항목 및 집행액을 구분 관리하고 있어, 예산집행 관련 세금계산서 및 신용카드 매출전표 매입세액을 각각의 과제별 및 사업부문별로 그 귀속을 분명하게 구분할 수 있음 | 구 분 | 내 용 | 과세현황 | | 정부출연사업 | 질의법인이 정부출연금을 받아 설립목적에 맞는독자적으로 수행하는 연구개발 | 비과세 | | 국가연구개발사업 | 정부 및 공공기관으로부터 연구개발비를 출연 하거나 공공기금 등으로 지원하는 연구개발사업 | 비과세 | | 수탁연구개발사업 | 정부·민간기업에서 특정한 연구개발과제를 특정하고 연구개발비를 부담하는 사업 | 과면세 | | 기술지원사업 | 연구과정에서 발생한 기술력·장비 등을 민간 기업이 활용하도록 지원하는 사업 | 과세 | | 기술료수익사업 | 지식재산권 등 연구개발성과를 사용업체가 사용하게 하고 대가로 기술료를 받는 사업 | 과세 | 2. 질의내용 ○ 정부출연 연구기관으로서 과세(기술지원, 기술료수익) 사업과 과·면세(수탁연구개발) 사업, 비과세(정부출연사업 등) 사업 등 수종의 사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분계산 방법 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다. 4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. ○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. ○ 부가가치세법 시행령 제81조 【매입세액의 안분계산】 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 면세공급가액 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. 1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다. 2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액 3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액 ③ 제1항을 적용할 때 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자 및 「한국철도공사법」에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다. 면세사업에 관련된 전 사업장의 면세공급가액 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 전 사업장의 총공급가액 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. ○ 부가가치세 집행기준 40-81-5 ⑦ 공통매입세액 안분계산 및 안분계산 생략 방법은 사업(현장)단위별 과세기간 단위별로 적용한다.